В допълнение към микроскопите и чашите на Петри, компютрите са важен инструмент за микробиолозите. Софтуерът за микробиологични изследвания включва инструменти, използвани от други научни и инженерни дисциплини, както и специализирани приложения за изследване на бактерии и други микроорганизми. Много приложения, разработени от правителствени агенции, фондации с нестопанска цел или академични изследователи, се предлагат като безплатен софтуер за изтегляне и използване, както изисква вашият експеримент или лаборатория.
Инструменти за визуализация
Физическа или психическа картина на суровите данни, които събирате, може да ви помогне да разберете по-добре тяхното качество, значение и последици. Софтуерът за визуализация на данни с отворен код и търговски данни е широко достъпен за микробиологични изследвания. Създавайте диаграми и графики на вашите данни, като използвате LibreOffice Calc, Microsoft Excel или системата за визуализация на данни Mondrian. Приложенията Cell-O и RasMol ви помагат да създавате 2D и 3D-анимирани модели на биологично значими молекули като протеини и аминокиселини.
Математическо моделиране
Големите колекции от микробиологични данни често дават по-значима информация, след като бъдат анализирани числено. Софтуерни пакети MATLAB, Octave и SciPy, които извършват математическо усъвършенстване, анализ и моделиране на данните на учените. Използвайте тези пакети, за да направите оценка на параметрите чрез напасване на крива, епидемиологични прогнози, симулации на бактериален растеж и елиминиране на шум от данни или стохастичен ефект. Това приложение също така извършва статистически изчисления, като дисперсионен анализ или хи-квадрат тестове.
Биоинформатика на генома
Софтуерните приложения за микробиология също ви помагат да визуализирате и добивате информация от последователността на нуклеиновите киселини, които изграждат ДНК на микроорганизма. Фондацията за отворена биоинформатика предоставя безплатни приложения за секвениране и анализ на ДНК с отворен код като BioJava и Biopython, които извличат данни от банки с информация за генома, анализират ДНК кода на организма и го сравняват с други ДНК проби. Допълнителните пакети за анализ на генома включват Emboss, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package или PHYLIP и Sequence Manipulation Suite или SMS.
Референтен софтуер
Бързите темпове на научни открития в микробиологията и променящите се правителствени разпоредби правят изключително важно микробиолозите да имат готов достъп до информацията, която влияе върху тяхната работа. HUGO е търговски софтуерен пакет, който предоставя на микробиолозите актуална информация за инструменти, химикали, оборудване, хранителни среди, изисквания за безопасност, нови организми, таксономични промени и антибиотици. В допълнение, микробиолозите, работещи в науката за храните, могат да използват уеб приложението ComBase Browser за достъп до свързаните с храните микробиологични данни, предоставени от правителствени агенции в Обединеното кралство, Австралия и САЩ.
